日本水準原点は，日本全国の標高の基準として1891（明治24）年に，当時，陸軍参謀本部陸地測量部の庭園だった現在地に設けられました。同年に完成した標庫はこれを保護するための建物で，佐立七次郎が設計しました。 佐立は，辰野金吾や曾禰達蔵らと共にジョサイア・コンドルから建築を学んだ工部大学校の第一期生です。工部省や海軍省，藤田組を経て逓信省で勤務し，建築法研究のため欧米にも出張しています。その後，建築設計事務所を開設，日本郵船の設計顧問となって日本郵船小樽支店（現存しています）などを設計しました。佐立が設計に関与した建物は34棟といわれますが，それらはほとんど残っていません。 現存する日本水準原点標庫は，石造りの平家建てで総高4.3ｍと小さなものですが，正面に配された石段と柱廊，その上部のエンタープラチュア（帯状部）や屋根部分のレリーフが施された三角形の破風など，ローマ風の神殿建築に倣った本格的な建築物です。エンタープラチュアには，現在，公的に使用されている建物には珍しい菊の紋章に挟まれた「大日本帝國」の文字が認められます。